新型农村合作医疗（新农合）制度是党中央、国务院为解决农村居民看病就医问题而建立的一项基本医疗保障制度，是落实科学发展观、构建社会主义和谐社会的重大举措。目前，我国农村地区已全面建立起新农合制度，制度框架和运行机制基本建立，农村居民医疗负担得到减轻，卫生服务利用率得到提高，因病致贫、因病返贫的状况得到缓解。
　　新农合从2003年开始试点，2008年已全面覆盖农村地区，2009年第一季度参合人数达到8.3亿。特别是7月13日卫生部、民政部等五部门联合下发的《关于巩固和发展新型农村合作医疗制度的意见》，更是使得新农合的发展具有了更大的“利好”属性：一是筹资水平进一步提高，保障范围和报销额度进一步提高；二是新农合的报销结算将会更加便捷和快速。但是，新农合发展虽有许多“利好”之处，但仍然有两个重要的问题没有解决好，而由地区差异所造成的保障差异应该成为下一步新农合改进和完善的重点。
　　第一个问题是怎样避免新农合地区差异之下的保障差异。众所周知，新农合是一项保障性制度，所以其核心要尽可能体现必须、公平的原则。新农合在筹资环节已经考虑到了地区之间的差异，所以中央财政对较贫困地区农民补助水平要高一些，而对相对富裕地区农民则少补或不补，但在支付环节上却欠缺了地区差异上的考虑，其中最典型的是新农合补偿封顶线以当地农民人均纯收入为基础来计算，对此计算基础有不同意见的声音很多，可以来算一个账：新农合补偿封顶线为当地农民人均纯收入的6倍以上，2007年，上海农民人均纯收入最高，为10144.62元，甘肃农民人均纯收入最低，为2328.92元，都以6倍计算，上海农民可报销金额为6万余元，而甘肃农民可报销金额仅为1.39万余元，如此就形成了一个新的新农合的“马太效应”，越富的地方越看得起病，因病致贫返贫的概率越低；越穷的地方越看不起病，因病致贫返贫的概率越高。当然，肯定会有人提出这是因为两地新农合筹资水平所不同造成的，上海的农民所交的钱比甘肃农民多，所以享受到的报销额度也应该高。这是个乍一看很有道理的观点，但所处的角度则是典型市场化的，而新农合是一项保障性制度，实现均等化应是它的一个重要指标。当然，把新农合补偿封顶线的计算基础改为全国农民人均收入或是其他，其首要的一个前提是，富裕地区必须要做出适度的牺牲才行。
　　第二个问题是广为关注的若干种医疗保险之间的转移接续以及异地报销依然没有实质性突破。医疗保险的转移接续包含两个层面的意思，一是新农合与城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险的衔接互认，二是新农合在不同地区间特别是在农村和城市间的互认和报销。遗憾的是，这次五部门出台的意见中在这方面依然没有突破性进展。医疗保险转移接续难在什么地方？
　　说穿了还是难在一个利益上，因为不同省之间的筹资水平不一样，所以让富裕地区心甘情愿做出牺牲恐怕不是一件容易的事情。笔者就曾听到富裕地区的一个“标志性态度”：让我认同其他省的新农合不是不可以，但前提是要把两省之间筹资的差异补上！这种观点所透露出的理念其实和上一个问题的理念是一样的。医疗保险转移接续难以及新农合异地报销难影响最大的是农民工群体，据笔者了解，河南固始在北京和深圳以及四川在北京和东莞都有农民工新农合定点医院，但从实际层面看，上定点医院看病和住院的农民工一直不是很多，其中最重要的原因是报销不方便。看起来，突破地区差异而在新农合上使农民实现保障均等化依然有很长的路要走！